با توجه به تغییرات سریع جهانی، دانشگاه باقرالعلوم(ع) خود را موظف می‌داند که همواره مسائل نوپدید جامعه را شناسایی و برای حل آنها آموزش‌ها و رشته‌های جدید طراحی کند. بازنگری مداوم رشته‌ها، راه‌اندازی گرایش‌های تازه و تمرکز بر نیازهای فرهنگی و فکری کشور، نشان‌دهنده حرکت دانشگاه از «دانشگاه آموزشی» به «دانشگاه راه‌حل‌ساز» است.

لذا بخش عمده ظرفیت دانشگاه به مقاطع ارشد و دکتری اختصاص دارد، و رشته‌ها براساس نیازهای واقعی کشور بازطراحی می‌شوند که از جمله آن‌ها علاوه بر رشته‌های علوم سیاسی، علوم اجتماعی، فلسفه و کلام و… می‌توان به رشته‌های جدید ذیل اشاره نمود:

• غرب‌شناسی انتقادی
• عدالت اجتماعی
• فلسفه تاریخ
• دیپلماسی علمی ـ فرهنگی
• سیاست‌گذاری هوش مصنوعی
• فلسفه علوم طبیعی
• فلسفه فیزیک
• فلسفه حقوق