دانشگاه باقرالعلوم (ع) در سال‌های اخیر به یکی از مراکز کلیدی و اثرگذار کشور در حوزه پژوهش، تولید علم و توسعه «علوم انسانی اسلامی» تبدیل شده است. رویکرد اصلی این دانشگاه، بازتولید علوم انسانی مبتنی بر مبانی اسلامی از طریق نظریه‌پردازی و تقویت پژوهش‌های میان‌رشته‌ای است. محورهای اصلی فعالیت علمی و پژوهشی عبارتند از:

تولید محتوای علمی: انتشار فصلنامه‌های علمی-پژوهشی و انتشار آثار تخصصی.

نظریه‌پردازی: تولید، پرورش و توسعه نظریه‌های علمی از طریق کرسی‌ها، نشست‌ها و همایش‌های تخصصی

مشارکت در سیاست‌گذاری: حضور استادان دانشگاه در شوراهای ملی، نهادهای سیاست‌گذار و پروژه‌های کلان پژوهشی کشور.

مرجعیت محتوایی: نقش‌آفرینی در تدوین بخشی از کتاب‌های درسی علوم انسانی کشور و مشارکت در تدوین اسناد کلان علمی و فرهنگی.

مرکز رشد و نوآوری؛ به عنوان پل ارتباطی میان دانشگاه و جامعه با حمایت از شرکت‌های خلاق و نوپا، پشتیبانی از تولیدات فرهنگی و هدایت و حمایت از پروژه‌های نوآورانه در حوزه علوم انسانی.

ایجاد مراکز مطالعات نظام‌مندِ حکمرانی و تحول اجتماعی: در قالب راه اندازی آزمایشگاه حکمرانی و آزمایشگاه علوم رفتاری و تغییرات اجتماعی

برگزاری طرح ملی گفتمان نخبگان علوم انسانی: شناسایی، آموزش و تربیت نخبگان جوان در حوزه علوم انسانی. در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری که امروز در عرصه‌های علمی، فرهنگی و اجتماعی کشور نقش‌آفرینی می‌کنند.