دانشگاه باقرالعلوم(ع) دارای ساختاری سازمان‌یافته و چندلایه است که با هدف تحقق مأموریت‌های علمی، فرهنگی و پژوهشی طراحی شده است. این ساختار شامل هیئت مؤسس، هیئت امناء، ریاست دانشگاه، معاونت‌ها، دانشکده‌ها و گروه‌های آموزشی است و تلاش می‌کند میان آموزش، پژوهش، امور فرهنگی و پشتیبانی هماهنگی مؤثر برقرار سازد. معاونت‌های آموزشی، پژوهشی، دانشجویی ـ فرهنگی و منابع انسانی هر یک بخشی از مسئولیت‌های اجرایی و راهبردی دانشگاه را برعهده دارند و دانشکده‌ها و گروه‌های تخصصی نیز هسته اصلی فعالیت‌های علمی دانشگاه را تشکیل می‌دهند.

هیئت امناء دانشگاه متشکل از شخصیت‌های برجسته علمی، حوزوی و فرهنگی کشور است و نقش مهمی در سیاستگذاری کلان، تعیین راهبردها و هدایت علمی دانشگاه ایفا می‌کند. حضور چهره‌هایی همچون حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر احمد واعظی، حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر حمید پارسانیا و دیگر اعضای حقیقی و حقوقی، پشتوانه‌ای مهم برای توسعه علمی و نهادی دانشگاه به شمار می‌آید.

دانشگاه باقرالعلوم(ع) از آغاز تأسیس هفت دوره مدیریتی را پشت سر نهاده که هر دوره، سهم مهمی در توسعه آموزشی، پژوهشی و گسترش جایگاه ملی دانشگاه داشته است. در حال حاضر حجت‌الاسلام والمسلمین دکتر شمس الله مریجی، سرپرستی دانشگاه را برعهده دارد..