دانشگاه بین‌المللی باقرالعلوم(ع) به‌عنوان یکی از مراکز پیشرو در حوزه علوم انسانی اسلامی، ساختار علمی خود را بر پایه تلفیق سنت علمی حوزه و نظام دانشگاهی طراحی کرده است. رویکرد آموزشی دانشگاه بر مسئله‌محوری، میان‌رشته‌ای بودن و پاسخگویی به نیازهای واقعی جامعه استوار است و تلاش می‌شود آموزش، پژوهش و سیاستگذاری علمی در پیوند مستقیم با مسائل فرهنگی، اجتماعی و تمدنی کشور قرار گیرد. در همین راستا، دانشگاه همواره به بازنگری رشته‌ها، طراحی گرایش‌های نوپدید و توسعه علوم انسانی اسلامی توجه ویژه داشته است.

این دانشگاه با بهره‌گیری از فناوری‌های نوین و حرکت به‌سوی دانشگاه هوشمند، فرآیندهای آموزشی، پژوهشی و ارزیابی علمی را به‌تدریج به سمت استفاده از ظرفیت‌های هوش مصنوعی و ابزارهای دیجیتال سوق داده است. ساختار علمی دانشگاه شامل دانشکده‌های فقه و حقوق، فلسفه و اخلاق، فرهنگ و علوم اجتماعی، و تاریخ، سیاسی و مطالعات منطقه‌ای است که در ذیل آن‌ها گروه‌های تخصصی متعددی فعالیت می‌کنند.

دانشگاه در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری، رشته‌ها و گرایش‌های متنوعی همچون علوم سیاسی، فلسفه اسلامی، فلسفه حقوق، فلسفه فیزیک، جامعه‌شناسی، تاریخ اسلام، سیاستگذاری فرهنگی، مطالعات منطقه‌ای، مدیریت رسانه و فقه سیاسی ارائه می‌دهد. حضور استادان برجسته حوزه و دانشگاه و مشارکت فعال آنان در نهادهای علمی و سیاستگذار کشور، یکی از مهم‌ترین ظرفیت‌های علمی دانشگاه باقرالعلوم(ع) به شمار می‌آید.