دانشگاه باقرالعلوم(ع) به‌عنوان دانشگاه پیشرو در حوزه علوم انسانی‌اسلامی، همواره به‌دنبال به‌کارگیری متدهای نوین آموزشی و بهره‌برداری از نخبگان این عرصه است. در راستای این هدف، دانشگاه گروهی از دانشمندان متخصص و متعهد را در قالب یک ساختار آموزشی هوشمند و با رویکرد مسئله‌محور گرد آورده است. در حال‌حاضر، دانشگاه بیش از ۲۴ رشته و گرایش در مقاطع کارشناسی‌ارشد و دکتری، و سه رشته در مقطع کارشناسی با محوریت علوم انسانی را در دانشکده‌ها و گروه‌های علمی خود ارائه می‌دهد، که به شرح ذیل است.