دانشگاه باقرالعلوم(ع) با رویکرد پژوهش محور بخصوص در حیطه معاونت پژوهشی در دوره مدیریتی اخیر دانشگاه با تحول اساسی در رویکردهای پژوهشی، ضمن افزایش کیفیت اثار تولیدی شامل کتب، مقالات و پایان‌نامه ها سعی در تنوع بخشی به خروجی های خود داشته و بلحاظ کمیت نیز شاهد رشد چشمگیر بوده است. بر همین اساس مهمترین بخش های مرتبط با امور پژوهشی دانشگاه به شرح ذیل می‌باشد.