دانشگاه باقرالعلوم(ع) آموزش، پژوهش و تولید اندیشه را بر پایه هم‌افزایی حوزه و دانشگاه دنبال می‌کند. رسالت آن تربیت پژوهشگران و مدیران توانمند، توسعه علوم انسانی اسلامی، تولید نظریه، گسترش پژوهش‌های میان‌رشته‌ای و ایفای نقش مؤثر در حل مسائل فرهنگی، اجتماعی و تمدنی کشور است. بهره‌گیری از ظرفیت حوزه‌های علمیه، تقویت نواندیشی دینی و تربیت نیروهای متخصص و متعهد، از مهم‌ترین ارکان این رسالت به شمار می‌آید.

یکی از ویژگی‌های متمایز دانشگاه، حضور استادان برجسته حوزه و دانشگاه و تمرکز بر آموزش‌های تحصیلات تکمیلی با رویکرد مسئله‌محور است. در این رویکرد، آموزش و پژوهش تنها به انتقال دانش محدود نمی‌شود، بلکه دانشجویان با مسائل واقعی جامعه روبه‌رو شده و مهارت تحلیل، نقد، نظریه‌پردازی و ارائه راه‌حل‌های علمی را کسب می‌کنند.