هیئت‌رئیسه دانشگاه باقرالعلوم(ع) عالی‌ترین رکن اجرایی ـ مدیریتی دانشگاه است که با مسئولیت برنامه‌ریزی، هماهنگی و راهبری فعالیت‌های آموزشی، پژوهشی، فرهنگی و اداری، نقش محوری در تحقق سیاست‌ها و مصوبات هیئت امناء را ذیل ریاست دانشگاه ایفا می‌کند. این مجموعه با بهره‌گیری از ظرفیت معاونت‌ها و واحدهای تخصصی، ضمن هدایت امور جاری دانشگاه، زمینه ارتقای کیفیت فعالیت‌های علمی، توسعه نهادی و تحقق اهداف راهبردی دانشگاه را فراهم می‌سازد.