دانشگاه باقرالعلوم(ع) فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی خود را در قالب چند دانشکده تخصصی سامان داده است. این دانشکده‌ها با تمرکز بر توسعه علوم انسانی اسلامی و پاسخ‌گویی علمی به مسائل فرهنگی و اجتماعی جامعه شکل گرفته‌اند.

دانشکده‌های دانشگاه با بهره‌گیری از استادان برجسته حوزه و دانشگاه، برنامه‌های آموزشی متنوعی را در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری ارائه می‌کنند. رویکرد اصلی در این ساختار علمی، تقویت پژوهش‌های میان‌رشته‌ای، نظریه‌پردازی در علوم انسانی اسلامی و تربیت نخبگان علمی است.

هر دانشکده علاوه بر آموزش تخصصی، بستری برای شکل‌گیری پروژه‌های پژوهشی، نشست‌های علمی، کرسی‌های نظریه‌پردازی و تعاملات علمی میان استادان و دانشجویان فراهم می‌آورد.