کتابخانه در سال 1363 (قبل از تأسیس دانشگاه) با هدف پشتیبانی فعالیت‌‌‌‌‌‌های پژوهشی و تحقیقاتی؛ به خصوص در حوزه علوم سیاسی آغاز به کار کرد و همزمان با تأسیس دانشگاه در سال 1371، به منظور تأمین نیازهای اطلاعاتی اساتید، دانشجویان و سایر کاربران و ارتقای سطح علمی جامعه، فعالیت خود را در حوزۀ رشته‌‌‌‌‌‌های درسی دانشگاه آغاز نمود و در حال حاضر منابع کتابخانه وسعت یافته و با حضور کارشناسان کتابداری و رایانه در فضایی به وسعت 1000 متر مربع، خدمات گسترده و مفیدی را به اعضای کتابخانه ارائه می‌‌‌‌‌‌نماید.
گردآوری منابع علمی و آموزشی و اشاعه اطلاعات در جهت تقویت و ارتقای برنامه‌‌‌‌‌‌های آموزشی و پژوهشی در چارچوب اهداف و رسالت‌‌‌‌‌‌های آموزشی دانشگاه باقرالعلوم(ع)، از مهم‌‌‌‌‌‌ترین اهداف کتابخانه و مرکز اطلاع‌‌‌‌‌‌رسانی می‌‌‌‌‌‌باشد.
مدیر کتابخانه با وظایف ذیل، مأموریت خود را دنبال می‌‌‌‌‌‌کند:
1. جمع‌‌‌‌‌‌آوری، نگهداری و عرضه کتب، اسناد و مدارک علمی و پژوهشی با بهره‌‌‌‌‌‌گیری از جدیدترین و مناسب‌‌‌‌‌‌ترین روش‌‌‌‌‌‌های فنی؛
2. فراهم آوردن فضا و امکانات لازم برای مطالعه و پژوهش‌‌‌‌‌‌های علمی؛
3. تنظیم و اجرای مقررات استفاده از کتابخانه، به منظور نگهداری مناسبت کتاب‌‌‌‌‌‌ها، اسناد و مدارک موجود و سهولت دست‌‌‌‌‌‌یابی علاقمندان به منابع؛
4. ارائه خدمات پژوهشی (کتابخانه، مرجع، اطلاع رسانی) به متقاضیان داخل و خارج از دانشگاه برابر مقررات و ضوابط موجود؛
5. تسریع و تسهیل دسترسی دانشجویان و اعضای هیئت علمی به منابع و ارائه خدمات نرم افزاری مناسب؛
6. انجام سفارشات جهت تهیه کتب، نشریات و دیگر منابع مورد نیاز سایر واحدها؛
7. برقراری ارتباط شبکه‌‌‌‌‌‌ای با سایر دانشگاه‌‌‌‌‌‌ها، مراکز، کتابخانه‌‌‌‌‌‌ها و مؤسسات آموزشی و تحقیقی، جهت بهره-گیری از منابع مطالعاتی؛
8. نظارت بر امور ثبت، فهرست‌‌‌‌‌‌نویسی، آماده‌‌‌‌‌‌سازی، طبقه‌‌‌‌‌‌بندی و عرضه‌‌‌‌‌‌ی اسناد، کتب و نشریات بر اساس استاندارهای ملی و بین‌‌‌‌‌‌المللی؛
9. انجام مطالعات لازم به منظور بهبود روش‌‌‌‌‌‌های کتابداری و کوشش در جهت افزایش اطلاعات و تجربیات فنی کتابداری، از طریق شرکت پرسنل در دوره‌‌‌‌‌‌های آموزشی مربوط؛
10. برآورد اعتبارات مورد نیاز کتابخانه و اداره اسناد؛
11. سایر امور محوله.
بخش مخزن
مخزن کتابخانه، به صورت بسته بوده و بالغ بر 37 هزار عنوان کتاب فارسی و عربی با 81 هزار جلد کتاب و حدود 6 ‌‌‌‌‌‌هزار عنوان کتاب لاتین با 5500 جلد کتاب را در خود جای داده است و سالن مطالعه در دو بخش عمومی و هیئت علمی دایر می‌‌‌‌‌‌باشد.
کتابخانه مرجع
در این قسمت، مجلات و نرم‌‌‌‌‌‌افزار فهرستگان و کتاب‌‌‌‌‌‌ها، شامل واژه‌‌‌‌‌‌نامه‌‌‌‌‌‌ها، دائرۀالمعارف‌‌‌‌‌‌ها، راهنماها و نیز بالغ بر 1000 عنوان پایان نامه در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری موجود می‌‌‌‌‌‌باشد.
اداره سمعی و بصری
واحد صوت در آبان‌‌‌‌‌‌ماه 1360 با هدف صدابرداری و حفظ آثار علما و اساتید حوزه علمیه و نیز پشتیبانی از طلاب دایر گردید. در طی این سال‌‌‌‌‌‌ها توانسته 53 هزار جلسه درس را به صورت حضوری از دروس رایج حوزه در دو نسخه تهیه و نگهداری نماید و تاکنون بیش از 22 هزار جلسه درس را به CD تبدیل نموده. این واحد همچنان نسبت به ضبط دروس حوزه و رفع نواقص و سرویس دهی به طلاب عزیر مشغول می‌‌‌‌‌‌باشد.
بخش اطلاع‌‌‌‌‌‌رسانی
بخش اطلاع رسانی با هدف گردآوری، آماده سازی و اشاعه اطلاعات علمی، با تأکید بر شیوه الکترونیکی با دارا بودن 15 دستگاه کامپیوتر متصل به اینترنت و اینترانت مشغول به سرویس دهی می‌‌‌‌‌‌باشد.