دانشگاه باقرالعلوم علیه السلام، با الهام از رهنمودهای امام امت رحمة الله علیه، رهبر معظم انقلاب حفظه الله و با پشتیبانی دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم بنیاد نهاده شد و آموزش و پژوهش علوم انسانی دینی، به گونه‌ای که پاسخ‌گوی الزامات عصر ما باشد، به عنوان مأموریت اساسی آن قرار گرفت.