دانشگاه باقرالعلوم(ع) با الهام از رهنمودهای امام امت(ره)، مقام معظم رهبری(زید عزه) و با پشتیبانی دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم بنیاد نهاده شد و آموزش و پژوهش علوم انسانی دینی، به گونه‌ای که پاسخ‌گوی الزامات عصر ما باشد، به عنوان مأموریت اساسی آن قرار گرفت.
نظر به این که دانشگاه باقرالعلوم(ع) نهادی واسط بین دانشگاه و حوزه های علمیه می باشد، برنامه های آموزشی خود را در جهت رفع خلأها و نیازهای آموزشی در عرصه رشته های مختلف علوم انسانی و دینی در مقاطع کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری گسترش داده است.