دانشگاه باقرالعلوم(ع)، يك واحد آموزشي غير دولتي – غيرانتفاعي است كه داراي شخصيت حقوقي و وابسته به دفتر تبليغات اسلامي حوزه علميه قم مي‌باشد كه داراي چهار ركن اصلي ميباشد.

1.هيات موسس 2. هيات امنا 3.رياست دانشگاه 4.شوراي دانشگاه

1. مؤسس

الف) مؤسس، بر اساس مصوبه جلسه شماره 504 مورخ 2/7/1381 شوراي عالي انقلاب فرهنگي مبني بر تغيير ركن هيئت مؤسس دانشگاه غير دولتي – غير انتفاعي باقرالعلوم(ع) از حقيقي به حقوقي، دفتر تبليغات اسلامي حوزه علميه قم است.

ب) برخي از وظايف و اختيارات مؤسس عبارتند از

1. تعيين تعدادي از اعضاي هيئت امنا ،معرفي و عزل آنها

2. پيشنهاد نمودار سازماني و تشكيلات دانشگاه به هيئت امنا براي تصويب؛

3. تنظيم بودجه سالانه و تفصيلي دانشگاه و پيشنهاد آن به هيئت امنا براي تصويب؛

4. نظارت بر فعاليت‌هاي آموزشي، پژوهشي و فرهنگي دانشگاه و ...

2. هيئت امنا

تركيب اعضاي هيئت امنا

اعضاي هيئت امناي دانشگاه عبارتند از: آقايان حجت الاسلام والمسلمين جناب آقاي قمي، حجت الاسلام والمسلمين جناب آقاي دكتر پارسانيا، حجت الاسلام والمسلمين جناب آقاي سبحاني، جناب آقاي دكتر عماد افروغ، جناب آقاي دكتر افروز، نماينده وزارت علوم، تحقيقات و فن‌آوري جناب آقاي دكتر مسلمي نائيني، استاندار قم جناب حجت الاسلام و المسلمين آقاي موسي‌پور و جناب آقاي سيد عباس صالحي مي‌باشند.

رئيس هيئت امنا حجت الاسلام والمسلمين جناب آقاي دكتر واعظي و دبير هيئت امنا، حجت الاسلام والمسلمين جناب آقاي دكتر مريجي مي‌باشد.

 هيئت امنا، موظف است كليه مصوبات و ضوابط شوراي عالي انقلاب فرهنگي، وزارت علوم، تحقيقات و فن‌آوري وساير قوانين و مقررات جاري كشور را رعايت كند.

3. رياست دانشگاه

الف) رئيس دانشگاه

رئيس دانشگاه، نماينده قانوني دانشگاه نزد مراجع حقيقي و حقوقي مي‌باشد كه از ميان اعضاي هيئت علمي به پيشنهاد هيئت امنا، تأييد وزير علوم، تحقيقات و فن‌آوري و با حكم رئيس هيئت امنا براي مدت چهار سال منصوب مي‌شود. پيشنهاد و انتصاب مجدد وي با تأييد وزيرعلوم، تحقيقات و فن‌آوري، بلا مانع است.

تبصره: پذيرش استعفا و عزل رئيس دانشگاه پس از تصويب هيئت امنا با حكم رئيس هيئت امنا خواهد بود.

ب) برخي از وظايف و اختيارات رئيس دانشگاه:

1. اداره كليه امور دانشگاه در چارچوب اهداف، وظايف و اختيارات آن، با تأكيد بر مباني ارزشي انقلاب اسلامي؛

2. اجراي مصوبات و ضوابط شوراي عالي انقلاب فرهنگي، وزارت علوم، تحقيقات و فن‌آوري، هيئت امنا و مؤسس؛

3. استخدام، انتصاب و عزل كاركنان آموزشي و غير آموزشي دانشگاه با رعايت ضوابط، مقررات و آيين‌نامه‌ها و شيوه‌نامه‌هاي مصوب مراجع ذي‌صلاح؛

تبصره1: رئيس دانشگاه، مسئول اجراي كليه آئين‌نامه‌ها، مقررات و برنامه‌هاي آموزشي و پژوهشي مصوب وزارت است.

تبصره2: رئيس دانشگاه، موظف است گزارش سالانه عملكرد (فعاليت‌هاي آموزشي، پژوهشي، فرهنگي و اجرايي و...) دانشگاه را به همراه ترازنامه مالي دانشگاه به هيئت امناي دانشگاه ارسال نمايد.

4. شوراي دانشگاه

تشكيل شوراي دانشگاه و شوراهاي تخصصي (آموزشي، پژوهشي و دانشجويي)، طبق آئين‌نامه مديريت دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالي، مصوب دويست و چهل و نهمين جلسه شوراي عالي انقلاب فرهنگي است.

تركيب اعضاي شوراي دانشگاه و اختيارات و وظايف آن مطابق آئين‌نامه مديريت دانشگاه‌ها و مؤسسات آموزش عالي كشور، مصوب شوراي عالي انقلاب فرهنگي مي‌باشد.