دانشگاه باقرالعلوم(ع)، جهت تربیت نیروی انسانی متعهد و کارآمد، هر ساله از میان طلاب واجد شرایط حوزههای علمیه، در رشته‌‌‌های علوم سیاسی، فلسفه و کلام اسلامی، تاریخ اسلام، جامعه‌‌‌شناسی، مدرسی معارف اسلامی، فلسفه دین، تبلیغ و ارتباطات فرهنگی اندیشه سیاسی در اسلام و فلسفه علوم اجتماعی از طریق برگزاری آزمون‌‌‌های اختصاصی و یا آزمون سراسری دانشجو میپذیرد.
نظر به اهداف و بیانیه مأموریت دانشگاه، داوطلبان ورود به دانشگاه از میان طلاب رسمی حوزههای علمیه گزینش می‌شوند. آزمون ورودی دانشگاه، با نظارت مستقیم سازمان سنجش آموزش کشور انجام میپذیرد. دانشجویان پس از معرفی، از طرف سازمان سنجش، توسط اساتید مجرب مصاحبه علمی خواهند شد.
مدیریت امور دانشجویی که دارای بخش‌‌‌های مختلف می‌‌‌باشد، با شرح وظایف ذیل فعالیت می‌‌‌نماید:
1. برنامه‌‌‌ریزی و اجرای آزمون‌‌‌های ورودی دانشگاه بر اساس مصوبات و مقررات موجود با هماهنگی سازمان سنجش آموزش کشور و همکاری سایر واحدها؛
2. نظارت بر پذیرش و ثبت نام اولیه پذیرفته شدگان آزمون‌‌‌های ورودی دانشگاه که طبق ضوابط و مقررات موجود، حائز شرایط لازم برای تحصیل در دانشگاه می‌‌‌باشند؛
3. نظارت بر تنظیم و نگهداری اطلاعات و مدارک ثبت نام پذیرفته شدگان و تشکیل پرونده دانشجویی برای هر یک از آنان؛
4. طرح مسائل و مشکلات دانشجویی در شورای دانشجویی، تنظیم صورتجلسات و پی‌‌‌گیری مصوبات مربوط؛
5. انجام امور مربوط به فارغ‌‌‌التحصیلان و صدور مدارک تحصیلی دانشجویان؛
6. بررسی و اعلام وضعیت خدمت وظیفه عمومی دانشجویان به مراجع ذیربط؛
7. تشخیص استحقاق دانشجویان جهت دریافت کمک هزینه تحصیلی؛
8. ارائه خدمات مربوط به تسهیلات رفاهی، وام‌‌‌های دانشجویی، سهمیه ارزاق و بن کتاب به دانشجویان واجد شرایط؛
9. ارائه خدمات و نظارت بر امور بهداشتی، رستوران، خوابگاه، بوفه دانشجویی، امور درمانی و بیمه دانشجویان؛
10. برنامه‌‌‌ریزی و اجرای کلاس‌‌‌ها و کارگاه‌‌‌های فوق برنامه با همکاری گروه‌‌‌های علمی به منظور تقویت و آمادگی دانشجویان در ورود به مقاطع بالاتر تحصیلی؛
11. برنامه‌‌‌ریزی و اجرای خدمات امور مشاوره و راهنمایی دانشجویان؛
12. همکاری در تهیه و تنظیم برنامه‌‌‌های مربوط به بازدیدهای علمی، سفرها و اردوهای دانشجویی؛
13. تنظیم پرونده‌‌‌های کمیته انضباط دانشجویی، تشکیل جلسات و پی‌‌‌گیری اجرای مصوبات مربوط؛
14. ارائه خدمات شایسته و مناسب به دانشجویان شاهد و ایثارگر بر اساس قوانین و مقررات و زمینه‌‌‌سازی در جهت تقویت بنیه علمی دانشجویان شاهد و ایثارگر با همکاری بنیاد شهید و ایثارگران.